纤维连接蛋白原料的质量控制至关重要，直接关系到其在下游产品中的应用效果和安全性。质量控制涵盖多个方面，首先是纯度检测。常用的纯度检测方法包括十二烷基硫酸钠 - 聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS - PAGE），通过该方法可以直观地观察纤维连接蛋白样品在凝胶中的条带分布，判断其纯度。高效液相色谱（HPLC）也是常用的纯度检测手段，HPLC 能够精确分析纤维连接蛋白样品中的杂质含量，确定其纯度是否符合标准。一般来说，用于医药和高端护肤品领域的纤维连接蛋白原料，要求纯度达到 95% 以上。​

生物活性检测是质量控制的关键环节。纤维连接蛋白的生物活性主要体现在其促进细胞黏附、迁移和增殖的能力上。因此，细胞黏附实验是常用的生物活性检测方法之一，将纤维连接蛋白固定在培养板表面，接种细胞后，通过观察细胞在纤维连接蛋白表面的黏附情况，计算细胞黏附率，以此评估纤维连接蛋白的生物活性。细胞迁移实验和细胞增殖实验也可用于检测纤维连接蛋白的生物活性，通过观察细胞在纤维连接蛋白作用下的迁移距离和增殖速率，判断其生物活性的高低。​

安全性检测同样不容忽视。对于纤维连接蛋白原料，需要检测其是否含有热源物质、微生物限度是否超标、有无病毒污染等。热源物质检测通常采用鲎试剂法，通过检测样品与鲎试剂反应后产生的凝胶情况，判断样品中是否含有热源。微生物限度检测包括细菌、霉菌和酵母菌等微生物的检测，确保纤维连接蛋白原料在生产和储存过程中未受到微生物污染。病毒检测则针对可能存在的动物源性病毒，如牛病毒性腹泻病毒、细小病毒等，采用 PCR 等分子生物学技术进行检测，保障产品的安全性。